Szczególnie istotne zmiany nastąpiły w zapisach ustawy, która określa podmioty i zasady prowadzenia polityki rozwoju oraz stanowi podstawę wdrażania funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności w obecnym okresie programowym 2007-2013. Zgodnie z ustawą o zppr, art. 28, mogą być dofinansowane projekty: indywidualne – o strategicznym znaczeniu dla realizacji programu, wskazywane przez instytucję zarządzającą zgodnie z kryteriami zatwierdzonymi przez Komitet Monitorujący; systemowe – polegające na dofinansowaniu realizacji zadań publicznych określonych w odrębnych przepisach; wyłonione w trybie konkursu.

W ustawie przyjęty jest następujący tryb zatwierdzania projektów: projekty indywidualne, w ramach krajowych programów operacyjnych, zatwierdzane są w formie listy ogłaszanej przez ministra właściwego do spraw rozwoju regionalnego, w formie obwieszczenia w Dzienniku Urzędowym Rzeczypospolitej Polskiej "Monitor Polski". Lista projektów w ramach regionalnych programów operacyjnych przyjmowana jest przez zarząd województwa w formie uchwały ogłaszanej w wojewódzkim dzienniku urzędowym. Projekty, w których Instytucja Zarządzająca lub Instytucja Pośrednicząca jest jednocześnie beneficjentem realizowane są na podstawie decyzji oraz umowy. Projekty konkursowe - lista projektów konkursowych zatwierdzana jest przez Instytucję Pośredniczącą oraz Instytucję Zarządzającą.

Dwa środki odwoławcze

W przypadku projektów wyłanianych w procedurze konkursowej w ustawie o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (podobnie jak w ustawie o NPR) nie wprowadzono jasnych zapisów dotyczących charakteru prawnego decyzji podejmowanych w procesie wyboru i w procedurze odwoławczej. Dotychczasowe orzecznictwo w tym zakresie było zróżnicowane, np. Naczelny Sąd Administracyjny (sygn. II GSK 297/08) orzekł, że pisma zawiadamiające o nieprzyznaniu dofinansowania nie są decyzją, lecz informacją dla wnioskodawcy. Jednak w orzeczeniu w składzie siedmiu sędziów NSA zajął całkowicie odmienne stanowisko (uchwała z 22 lutego 2007 r.) uznając, że odrzucenie wniosku (art. 26 ust.1 ustawy o NPR) następuje w formie decyzji administracyjnej, wydanej przez ministra gospodarki. W związku z licznymi problemami i uwagami przyjęta została ustawa o zmianie niektórych ustaw w związku z wdrażaniem funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności.

Wprowadzone zmiany regulują podstawy udzielania dofinansowania poprzez wskazanie dwóch form: umowa o dofinansowanie lub decyzja o dofinansowaniu. Dotychczasowa regulacja - ustawa o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, art. 30, oraz wydane wytyczne horyzontalne ministra rozwoju regionalnego w zakresie procedury odwoławczej dla wszystkich programów operacyjnych - w odniesieniu do wniosków wybieranych w procedurze konkursowej - wprowadziły dwuetapową procedurę odwoławczą. Przewiduje ona zarówno po ocenie formalnej, jak i po ocenie merytorycznej możliwość wniesienia protestu i złożenia wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy. Protest po ocenie merytorycznej jest nowością w stosunku do poprzedniego okresu 2004-2006. Istotnym novum jest także wprowadzenie możliwości dokonania wyboru jednego z dwóch środków odwoławczych na etapie przesądowym.