Jesteś w tej komfortowej sytuacji, że Twój pracodawca popełnił błąd przy
spisywaniu umowy. To powinna być umowa o dzieło określająca jakie to
dzieło. No bo teraz, to jest poniekąd uzależniony od Twojej dobrej woli.
Umowie - zleceniu zadość uczyniłeś samym byciem informatykiem. Teraz
możesz się uprzeć, że ewentualnie chcesz kasę za to dzieło, bo programy
piszą programiści, a nie informatycy. Przy czym oczywiście chwali Ci się
to, ze nie chcesz w ten sposób podgrywać, ale to daje obraz tego, co Ty
możesz. Możesz niemal wszystko. W szczególności moszesz określić zakreś
licencji na przykłąd po prostu do uzywania jednej kopii tego systemu.

Co do usuwania lub nie jakiś tam opcji, to wydaje mi się, że pracodawca ma
on prawo do wpływu na kształt i funkcjonalność tego programu i nie możesz
tego lekcewarzyć. W końcu za to płaci i dobrze by było, by był zadowolony.
Jeśli z jakiś tam powodów chcesz zachować te funkcje w wersji uczelnianej
to ja bym Ci zaproponował na samym końcu zrobić tak, że po zbadaniu
funkcjonalności jemu dajesz wersje okrojoną (po prostu ukrywasz nie
chciane przez niego opcje i tyle), a do pracy dołączasz wersję pełną, ale
by nie dochodziło do pomyłek, to zmień tam jakiś strzeguł łatwy do
zmienienia. Na przykład nazwę firmy i tyle.

Program komputerowy, czy cokolwiek innego opartego w idei o podobne
założenia ma to do siebie, że wystarczy zmienić na dobrą sprawę interfejs,
zmienić kilka drobiazgów i będzie to niby co innego. A zmiana tego to
kilka chwil. Mam kolegę, który kiedyś napisał taki program do
fakturowania. I handluje tym programem już ładnych kilka lat sprzedając
różnym firmom de facto ten sam program, tylko nieco go modyfikując zgodnie
z ich potrzebami.

Jedynym zagrożeniem była by obawa przed oskarżeniem o plagiat, bo
oczywiście można dowieść, że ten program, to ten sam, co tamten, tylko coś
tam zmieniono, ale sam siebie przecież nie będziesz ścigał.